MPLOD & MPO

応募者の情報
ご氏名 川島秀一、岡本忍
ご所属 ライフサイエンス統合データベースセンター
e-mailアドレス kwsm [at] dbcls.rois.ac.jp
応募するデータセットの情報
データセットの名称 MPLOD & MPO
データセットのURL http://lod.dbcls.jp/mpo/
データセットの概略説明 本データセットは、微生物のいくつかの表現型に関する情報をLOD化したものである。
表現型とは、外部から観察可能な生物の示す形態や生理等の形質を意味し、遺伝情報とともに、生命現象を研究する上で重要なデータである。しかし、遺伝情報が、ゲノム配列情報として急速に蓄積されている一方で、表現型の情報は主として文献に記載されていることから、網羅的な電子化は遅れている。DBCLSでは、ゲノム配列のRDF化を進めており、表現型の情報が同じくRDF化されれば、これまで困難であった遺伝情報および表現型情報を統合したデータ検索が可能になる。幸い、微生物に関しては、ゲノムプロジェクトのメタデータを整理したGOLDデータベースにGOLDデータベースに表現型情報が蓄積されつつある。今回我々は、微生物表現型情報を記載するのに必要なオントロジー、MPO: Microbial Phenotype Ontology を開発し、さらにMPOを利用して、GOLDデータベースに記載された表現型情報のうち、細胞の形態、酸素要求性と生育温度による分類に関してRDF化を行った。
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原作者のクレジット(氏名、作品タイトルとURL)を表示することを守れば、改変はもちろん、営利目的での二次利用も許可される最も自由度の高いCCライセンス。

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