9月, 2012

技術コラム第4回:BioHackathon2012 in 富山 開催報告

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去る9月2日から7日まで,BioHackathon 2012が開催されました.

今年のBioHackathonのテーマは,セマンティックWeb技術をもとにしたアプリケーション開発とLinked Dataの構築とのことで,その時の様子を,DBCLSの川本祥子先生からご紹介頂きます.

 

BioHackathon(バイオハッカソン)はその名前の表すとおりバイオ系のハッカソン(*1)です。ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)主催による国際開発会議として2008年にスタートし、2010年からはJSTのバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)とともに、国内外の技術者、研究者の参加協力により続けられてきました(*2)(*3)。5回目となる今年のBioHackathon 2012のテーマは、セマンティックWeb技術をもとにしたアプリケーション開発とLinked Dataの構築です。ちょうど年一度のお祭り「おわら風の盆」でにぎわう富山県にて、9月2日~7日の約一週間、海外からの参加者24人を含む総勢78人の参加により開催されました。その内容について簡単にご紹介いたします。

 

ところで、どうしてバイオ分野でハッカソンやセマンティックウェブなの?と思われる方もいらっしゃるかもしれません。バイオの分野では、特に今世紀に入ってからですが、遺伝子・ゲノムを中心にデータの爆発的な増加が問題になっていました。その中で、私の所属するDBCLSでは、文部科学省の統合データベースというプロジェクトにおいて、データの格納場所であるデータベースの問題に様々な角度から取り組んできていました。データのオープン化とともに、大量かつ多種多様なデータを統合的に利用するにはどのようにすればよいのか。これまでのサービス開発やハッカソンでの議論を通じ、セマンティックWeb技術とRDF形式を利用したデータ統合を目指すことになったのです(*4)。

そこで、今回のハッカソンには、セマンティックWebとアプリケーション開発において、生命科学への応用を目指している研究者・技術者が集まり、様々なテーマに取り組むことになりました。内容を簡単に紹介しますと、(1)生命科学分野に特化したRDFアプリケーション開発とデータのRDF化、(2)オントロジー構築やマッピングと関連技術開発、(3)テキストマイニング技術開発、(4)SPARQLエンドポイントのクオリティ評価、(5)トリプルストアの実証実験や分散検索の性能評価、以上5つの大きなテーマで開発が進められました。このときのディスカッションや進捗は期間中からすべて、github上のwikiにまとめられて公開されていますので、さらに詳しい内容をご覧になりたい方はそちらをご参照下さい(*5)。

LODではおなじみの The Linking Open Data cloud diagram の中で生命科学の占める割合はとても大きいものです。蛋白質のデータベースUniProtのように本格的にセマンティックWeb技術によって運用されているものもあります。しかし実際に意味のある統合利用のためには、まだまだ本格的にRDF化されたDBはほとんど無く、オントロジーの整備も十分ではありません。その上、差し迫った医学生物学の課題に対するアプリケーション開発を求められている状況は、それにたずさわる者としては苦しい面もありますが、バイオハッカソンが世界的な技術と人の交流の場となって、これからも良い成果を出して行けることと思います。

今回は、近くのコンビニまで徒歩1時間以上という環境で、まさに寝食を共にする合宿でしたが、会期中にはエクスカーションの時間を設けて、海外からの参加者を中心に、立山と世界遺産の五箇山を訪ね、ハックの疲れを立山の自然と日本の文化で癒すことができました。開催にあたっては、お世話になりました富山県のみなさま、ハッカソン会場となりましたインテック大山研修センターのみなさま、本当にありがとうございました。

 

*1: ハッカソンはHackとMarathonを合わせた言葉

*2: Katayama T., et. al. The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applications. J. Biomed. Semantics, Aug 2011 (DOI: 10.1186/2041-1480-2-4)

*3: Katayama T., et. al. The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows. J. Biomed. Semantics, Aug 2010 (DOI: 10.1186/2041-1480-1-8)

*4: 山口敦子 片山俊明, データベース統合利用基盤としてのセマンティックウェブ技術, 細胞工学, vol.30, no.11, pp.1210-1215, 2011

*5: バイオハッカソンWiki  https://github.com/dbcls/bh12/wiki

 

情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター

川本祥子

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9月 26th, 2012 at 4:26 pm

LODチャレンジ紹介記事が人工知能学会誌に掲載されました

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LODチャレンジの紹介記事が人工知能学会誌2012年9月号に掲載されました.実行委員長の萩野先生,事務局長の乙守さん,実行委員の佐藤さん,長野さんが,昨年度LODチャレンジの開催経緯や応募作品を振り返り,今後の日本におけるLinked Open Dataの普及促進に向けた展望をまとめ,解説記事として執筆したものです.応募作品から見える”日本らしさ”や”特徴”の分析のほか,Linked Open Dataに関するコンテスト開催の課題について言及しています.本記事が掲載されている会誌は,オーム社の直販サイトから購入できます.ぜひご覧ください.

 

書誌情報はこちらです.会誌を購入される場合や,文献等で引用される場合にご利用下さい.
乙守信行, 長野伸一, 佐藤宏之, 萩野達也: Linked Open Data チャレンジ Japan 2011を振り返って, 人工知能学会誌, vol. 27, no.5, pp.518-526, 2012.

 

なお,アプリケーション部門最優秀賞作品「LinkData.jp」の表記の一部が誤って「LinkedData.jp」と掲載されておりました.誤った表記をご報告申し上げると共に,この場にて正しい表記へと訂正いたします.関係者の皆さまには深くお詫び申し上げます.

 

 

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9月 18th, 2012 at 1:19 pm

第2回LODチャレンジデー開催報告

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9/1(土)に中部大学で,2012年度第2回目のLODチャレンジデーを開催しました.内容は,第1回に続き「Linked Open Data 入門」と題したチュートリアルセミナーです.第1回からプログラムを一部変更し,さらに充実した内容となりました.今回も,約20名の方が参加して下さいました.

 


当日の様子です.

 

基調講演では,名古屋工業大学 白松先生をお招きしました.「LODデータセットSOCIAを用いた住民参画Webプラットフォーム」と題して,ニュース記事などをもとに地域で発生した出来事に関する情報をLODの形式で構造化し,このデータを議論の種として地域社会による討論やアセスメントで活用する取り組みについて紹介していただきました.イベントや地域をクラスとして定義し,個々の事件や話題をインスタンスとして扱うことで,実社会に関する情報を整理されています.地域コミュニティでどう活用されるのか,今後の展開が楽しみです.

 


白松先生による基調講演です.

 

中部大学 年岡先生と,学生さんの藤本さんから,「JavaScriptで作るLODアプリケーションサーバ – RDFサーバとAppサーバの分離」と題して,お話いただきました.内容は,フロントエンドのアプリケーションサーバとバックエンドのRDFデータサーバを分離し,フロントエンドのためのJavaScriptライブラリを提供するものです.本ライブラリを利用することで,LODアプリ開発の際に,既存のRDFデータサーバを流用しやすくなる点が特徴です.

 


年岡先生,藤本さんによるご発表です.

 

豊田さん,下山さんからは,理化学研究所が提供するホスティングサービス LinkData.orgLinkDataApp の紹介がありました.LinkData.org は,地方自治体の公共データを共有するサイト CityData.jp と連携していて,自治体ごとに作成されたデータが横並びで見ることができ,どの自治体の住民が公共データの作成や利用に積極的であるか一目で分かります.ハンズオンセッションでは,LinkData.org のサービスを利用して,名古屋市のデータセット作りに取り組みました.皆さんが黙々と作業されていたのが印象的でした.その結果,CityData.jp のランキングで愛知県名古屋市がトップに立ちました.

 


ハンズオンの様子です.

 


ハンズオンで名古屋市のデータセット作りに取り組んだ成果です.CityData.jp のサイトはこちら

 

皆さんがお住まいの自治体や,ご出身の地域には,どんな公共データがあるでしょうか? LinkData.org を利用すれば,サーバを持たない方でもデータを公開できます.ぜひチャレンジしてみて下さい.

 

担当幹事

Written by lod-committee

9月 14th, 2012 at 1:02 pm

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